Flashpaste хранит свои настройки и базы данных (по умолчанию), в папке "%APPDATA%/Flashpaste/". Таким образом, для нормальной работы программы, она должна быть установлена в системе. В некоторых случаях бывает удобно запускать Flashpaste без предварительной инсталляции, просто скопировав рабочую папку программы, например на USB носитель.

В этом случае мы должны сообщить Flashpaste при старте, в каком месте у нас хранятся настройки и базы данных. Для этого можно использовать параметры командной строки. Flashpaste понимает следующий список параметров:

• -a - Берем файл настроек flashpaste.cfg в текущей папке.
• -b - Берем файл настроек flashpaste.cfg в текущей папке, кроме этого используем common.txt и local.txt из текущей папки.
• -c=path_to_common_db - Используем указанный файл в качестве общей базы данных, игнорируя настройки в cfg файле.
• -l=path_to_local_db - Используем указанный файл в качестве локальной базы данных, игнорируя настройки в cfg файле.
• -createreg - Создать файл с регистрационной информацией fkey.bin в папке программмы.
• -usereg - Использовать файл с регистрационной информацией fkey.bin.

Например, если вы хотите, чтобы Flashpaste использовала файл настроек из текущей папки и базу данных, расположенную по адресу c:\OurDB.txt, вы должны использовать следующую строку для запуска программы:
    Flashpaste -a -c=c:\OurDB.txt

Для запуска программы без установки, например с USB диска, рекомендуются сделать следующее:

• Скопировать файл настроек flashpaste.cfg (если уже создан) в папку с исполняемым файлом.
• Скопировать туда же общую и локальную базы данных. Файлы баз данных должны называться common.txt и local.txt соответственно. Если базы данных отсутствуют, они будут созданы в текущей папке.
• Создать файл с регистрационной информацией, запустив Flashpaste c ключем -createreg, после чего скопировать его в папку с исполняемым файлом.
• Создать командный файл (например, используя Notepad) flashpaste.bat и внести туда следующую строчку: start Flashpaste.exe -b -usereg
• Использовать созданный командный файл для запуска программы.